Στον αρχαιολογικό χώρο όπου διασταυρώνονται οι οδοί Μακένζυ Κινγκ, Ικτίνου και Παύλου Μελά και σε απόσταση αναπνοής από τον αυλόγυρο της Αγίας Σοφίας βρίσκεται η "κατακόμβη" του Αγίου Ιωάννη με το αγίασμα.
Στο κέντρο της αυλής υπάρχουν τα ερείπια ενός ναού που στο εσωτερικό του υπάρχουν σκαλοπάτια που οδηγούν στις κατακόμβες. Γύρω από την ιστορία της κατακόμβης διασώθηκαν αρκετοί θρύλοι και ιστορίες. Ένας από αυτούς τους θρύλους, που έχει διαδοθεί από στόμα σε στόμα από τους παλιότερους Θεσσαλονικείς, αναφέρει ότι μετά την πυρκαγιά του 1917, ένα μόνο σημείο της πόλης, αυτό όπου βρίσκεται η υπόγεια εκκλησία του Αϊ-Γιάννη, έμεινε στεγνό και ανέπαφο. Αναζητώντας οι περίοικοι απαντήσεις, ανακάλυψαν την εικόνα του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου που είχε μείνει ανέπαφη από τη φωτιά.
Στο κέντρο της αυλής υπάρχουν τα ερείπια ενός ναού που στο εσωτερικό του υπάρχουν σκαλοπάτια που οδηγούν στις κατακόμβες. Γύρω από την ιστορία της κατακόμβης διασώθηκαν αρκετοί θρύλοι και ιστορίες. Ένας από αυτούς τους θρύλους, που έχει διαδοθεί από στόμα σε στόμα από τους παλιότερους Θεσσαλονικείς, αναφέρει ότι μετά την πυρκαγιά του 1917, ένα μόνο σημείο της πόλης, αυτό όπου βρίσκεται η υπόγεια εκκλησία του Αϊ-Γιάννη, έμεινε στεγνό και ανέπαφο. Αναζητώντας οι περίοικοι απαντήσεις, ανακάλυψαν την εικόνα του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου που είχε μείνει ανέπαφη από τη φωτιά.
Στο υπόγειο του ναού μέχρι και σήμερα ρέουν υπόγεια νερά.
Όταν το 1892 οι ιδιοκτήτες του οικοπέδου έσκαψαν στο σημείο που βρίσκεται σήμερα ο ναός, ανακάλυψαν κάποια "στοά" ή "κρύπτη". Τον ίδιο χρόνο έγινε και μια σύντομη ανασκαφή από τον Πέτρο Παπαγεωργίου, ο οποίος ανακάλυψε ένα προσκυνητάρι του 10ου ή του 11ου αιώνα. Σύμφωνα με τις ίδιες αναφορές, στο παρεκκλήσι σώζονταν παράσταση δέησης με προσωπογραφία γενειοφόρου κτήτορα και την επιγραφή
"Κύριε μνήσθητι Γεωργίου του Ιορέμη".
"Κύριε μνήσθητι Γεωργίου του Ιορέμη".
Σύμφωνα με τις έρευνες που έχουν γίνει, ο χώρος πληρεί όλες τις προϋποθέσεις και για να θεωρηθεί ως ο τόπος μαρτυρίου του Αγίου Δημητρίου.
Στην κατακόμβη του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, εκεί που μέχρι σήμερα αναβλύζει το αγίασμα, διαπιστώνει κανείς ότι ενώ η υγρασία είναι έντονη, τα τοιχώματα είναι στεγνά. Για να μπορέσει κανείς να περάσει στους χώρους όπου βρίσκεται το αγίασμα, θα πρέπει να σκύψει αρκετά. Η δεξαμενή που υπάρχει στο χώρο ανήκει σε ρωμαϊκό κτίσμα (Νυμφαίο). Πιθανόν να χρησιμοποιήθηκε ως βαπτιστήριο της παλαιοχριστιανικής βασιλικής που υπήρχε στη θέση της Αγ. Σοφίας μέχρι το 620 μ.Χ.
Το παρεκκλήσι πάνω ακριβώς από την κατακόμβη γιορτάζει στις 29 Αυγούστου, ανήμερα της Αποτομής της Κεφαλής του Τιμίου Προδρόμου.
Ώρες λειτουργίας για τις κατακόμβες: 7:30 - 12:30 και 17:00 - 19:00
